本社の地方外に非独採算の支店を持つ会社の場合、支店は直接管理の税務機関に付加価値税の申告書を提出する。この支店に商品を運送する際、会社は次のインボイス使用の仕方を選択することができる：
・支払根拠として付加価値インボイスを使い、支店毎及び独立段階に対し付加価値税の申告・納付する
・出庫兼内部運送伝票と内部運送令を使用する
支店が商品を販売する際に買手にインボイスを作成する。また、販売商品一覧を作成し、本社に送る。これに基づき本社は付加価値インボイスを作成し、支店に渡す。支店は買手への商品に対し付加価値税の申告・納付をして、本社からの付加価値インボイスにより仕入付加価値税の申告・控除をする。
